Le règne des Aghlabides a pris fin en l'an 296 de l'Hégire (909 ap. J.-C.) et l'Ifriqiya tombe sous la domination des Fatimides qui y fondent un Etat chiite ismaélite, lequel a vite fait d’étendre son influence et sa souveraineté sur l’ensemble des pays du Maghreb, en même temps qu’il participe activement à la gestion politique du monde islamique, notamment à la suite de sa conversion en califat en l’an 316 de l’hégire (928 ap. J.-C.) et l’instauration de son autorité sur l'Egypte par Moez Lidine Allah Al Fatimi  en 362 (973 ap. J.-C.).

Avec l’avènement des Zirides Sanhajites qui succèdent aux Fatimides, se développe une riche activité culturelle dans maints domaines, notamment la jurisprudence, la littérature et l’histoire. Les jurisconsultes sont alors nombreux à Kairouan et en Ifriqiya de  même que se poursuivent les études de jurisprudence et les disciplines s’y rattachant, comme en témoignent les ouvrages et les traductions y afférents.

En ce qui concerne le volet littéraire qui figure en deuxième position après la théologie au titre de la vie culturelle, Kairouan émerge du lot en tant que berceau de figures de proue occupant une  place de choix dans l’histoire de la littérature de la Tunisie, tels que Abou Ishak Ibrahim Al Houssari Al Ansari Al Kairaouani  (413/1023), Ibn Rachiq (390-1001/463-1071) et Ibn Charaf (390-1000/460-1069) dont l’apport a été essentiel en poésie et dans le domaine de la critique littéraire et dont les œuvres, empreintes de maturité et d’authenticité, ont constitué un plus qualitatif à la littérature arabe.

Après le bref inter-règne fatimide et le départ du Calife Moez Lidine Allah Al Fatimi pour Le Caire, les Zirides Sanhajites fondent leur Etat, inaugurant un nouvel âge d’or de la ville. Et à la suite de l’arrivée des tribus arabes hilaliennes, en  l’an 444 de l’Hégire, et la propagation de l’anarchie en Ifriqiya pendant plus d’un siècle, les Almohades fondent leur Etat à Marrakech. En l’an 555 de l’Hégire, Abdelmomen Ibn Ali annexe la Tunisie à la tête de laquelle il nomme Banou Hafs. Le nouvel Etat hafside choisit Tunis comme capitale politique alors que Kairouan conserve son rôle spirituel de référence. Les Ottomans, arrivés en Tunisie dans la foulée de la conquête de Sinan Pacha en 1574, élèvent la ville à un rang insigne, relayés en cela par les Mouradites et les Husseinites.

Kairouan participe à la lutte contre le colonialisme, devenant l’un des bastions du mouvement national au cours du XXe siècle, jusqu’à l’Indépendance en 1956, date à laquelle elle renoue avec son aura civilisationnelle. Dès l’aube du Changement en 1987, le Président Zine el Abidine Ben Ali ne cesse d’entourer de sa sollicitude la ville de Kairouan où l’essor urbanistique qui a été le sien lui redonne son aura d’antan. Ainsi, des améliorations sont introduites dans le mausolée d’Abou Zomaa Al Balaoui en plus du grand projet international relatif à la Grande Mosquée Okba Ibn Nafaa, du nouveau mausolée de l’Imam Sahnoun, de la création d’un pôle de médecine d’avant-garde, du renouvellement du complexe culturel Assad Ibn Fourat à l’occasion de la célébration de Kairouan, capitale de la culture islamique ainsi que de l’intérêt accordé aux études islamiques et des initiatives privées concrétisées par maints volets urbanistiques, culturels et touristiques.